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Plasmid: pJIR418

Information

Source/Vendor

ATCC

Plasmid Type

Unspecified

Cloning Method

Unknown

Size

7358

Notes

Deposited by: Julian I. Rood Shuttle expression vector permitting visual detection of recombinants in E. coli using lacZalpha complementation. Does not contain an intact beta-lactamase (bla) gene. [1] The genes for chloramphenicol and erythromycin resistance (catP and ermBP, respectively) were cloned from C. perfringens and can be used for selection in both C. perfringens and E. coli. [1] EcoRV and ScaI restriction sites can be used for cloning and insertional inactivation of catP and ermBP, respectively. [1] The standard reverse sequencing primer is not useful in this vector due to the duplication of the 181 bp region between pUC18 sites PvuII and EcoRI. [1] The vector contains the following restriction sites (position in bp): EcoRI--1; HindIII--57; PvuI--175; FspI--195; NarI--216; Tth111I--397; SpeI--3235; NheI--3549; NaeI--3653; HpaI--4206; EcoRV--4723; SmaI--4984; AvaII--5059; ScaI--5850. [1] The order of the major features in this plasmid is: 5' lacZ' - EcoRI/MCS/HindIII - 3' lacZ' - pIP404 ori - pIP404 rep - HpaI - catP - SmaI - AvaII - ermBP - pMB1 ori. [1] Location of the major features in this plasmid: lacZ' (nt 7345-310), MCS (nt 1-57), pIP404 ori (approx. nt 1190-1419), pIP404 rep gene (nt 2702-1482), catP (nt 4830-4207), ermBP (nt 5902-5165), pMB1 ori (approx. nt 6780-7000). [1] Restriction digests of the clone give the following sizes (kb): EcoRI--7.4; HindIII--7.4; SmaI--5.0, 2.4. (ATCC staff) Medium is 1065 plus chloramphenicol (30 ug/ml). NCBI gi: 208130 & 144781 Hosts: E.coli, E.coli DH5alpha, Clostridium perfringens. Related vectors: pIP404, pUC18. (Information source: VectorDB ( http://seq.yeastgenome.org/vectordb ).)

Catalog Number

77387

GenBank

M77169

Stable

Unspecified

Constitutive

Unspecified

Viral/Non-Viral

Unspecified

Sequence

Copy sequence

GAATTCGAGCTCGGTACCCGGGGATCCTCTAGAGTCGACCTGCAGGCATGCAAGCTTGGCACTGGCCGTCGTTTTACAACGTCGTGACTGGGAAAACCCTGGCGTTACCCAACTTAATCGCCTTGCAGCACATCCCCCTTTCGCCAGCTGGCGTAATAGCGAAGAGGCCCGCACCGATCGCCCTTCCCAACAGTTGCGCAGCCTGAATGGCGAATGGCGCCTGATGCGGTATTTTCTCCTTACGCATCTGTGCGGTATTTCACACCGCATATGGTGCACTCTCAGTACAATCTGCTCTGATGCCGCATAGTTAAGCCAGCCCCGACACCCGCCAACACCCGCTGACGCGCCCTGACGGGCTTGTCTGCTCCCGGCATCCGCTTACAGACAAGCTGTGACCGTCTCCGGGAGCTGCATGTGTCAGAGGTTTTCACCGTCATCACCGAAACGCGCGAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGATAATAATGGTTTCTTAGACGTCAGGTGGCACTTTTCGGGGAAATGTGCGCGGAACCCCTATTTGTTTATTTTTCTAAATACATTCAAATATGTATCCGCTCATGAGACAATAACCCTGATAAATGCTTCAATAATATTGAAAAAGGAAGAGTATGAGTATTCAACATTTCCGTGTCGCCCTTATTCCCTTTTTTGCGGCATTTTGCCTTCCTGTTTTTGCTCACCCAGAAACGCTGGTGAAAGTAAAAGATGCTGAAGATCAGTTGGGTGCACGAGTGGGTTACATCGAACTGGATCTCAACAGCGGTAAGATCCTTGAGAGTTTTCGCCCCGAAGAACGTTTTCCAATGATGAGCACTTTTAAATTAAAAATGAAGTTTTAAAACTTCATTTTTAATTTAAATTAAAAATGAAGTTTTATCAAAAAAATTTCCAATAATCCCACTCTAAGCCACAAACACGCCCTATAAAATCCCGCTTTAATCCCACTTTGAGACACATGTAATATTACTTTACGCCCTAGTATAGTGATAATTTTTTACATTCAATGCCACGCAAAAAAATAAAGGGGCACTATAATAAAAGTTCCTTCGGAACTAACTAAAGTAAAAAATTATCTTTACAACCTCCCCAAAAAAAAGAACAGGTACAAAGTACCCTATAATACAAGCGTAAAAAAATGAGGGTAAAAATAAAAAAATAAAAAAATAAAAAAATAAAAAAATAAAAAAAATAAAAAAATAAAAAAATAAAAAAATAAAAAAATAAAAAAATAAAAAAATAAAAAAATAAAAAAATATAAAAATAAAAAAATATAAAAATAAAAAAATATAAAAATAAAAAAATATAAAAATAAAAAAATAAAAAAATATAAAAATAAAAAAATAAAAAAATATAAAAATATTTTTTATTTAAAGTTTGAAAAAAATTTTTTTATATTATATAATCTTTGAAGAAAAGAATATAAAAAATGAGCCTTTATAAAAGCCCATTTTTTTTCATATACGTAATATGACGTTCTAATGTTTTTATTGGTACTTCTAACATTAGAGTAATTTCTTTATTTTTAAAGCCTTTTTCTTTAAGGGCTTTTATTTTTTTTCTTAATACATTTAATTCCTCTTTTTTTGTTGCTTTTCCTTTAGCTTTTAATTGCTCTTGATAATTTTTTTTACCTCTAATATTTTCTCTTCTCTTATATTCCTTTTTAGAAATTATTATTGTCATATATTTTTGTTCTTCTTCTGTAATTTCTAATAACTCTATAAGAGTTTCATTCTTATACTTATATTGCTTATTTTTATCTAAATAACATCTTTCAGCACTTCTAGTTGCTCTTATAACTTCTCTTTCACTTAAATGTTGTCTAAACATACTATTAAGTTCTAAAACATCATTTAATGCCTTCTCAATGTCTTCTGTAAAGCTACAAAGATAATATCTATATAAAAATAATATAAGCTCTCTGTGTCCTTTTAAATCATATTCTCTTAGTTCACAAAGTTTTATTATGTCTTGTATTCTTCCATAATATAAACTTCTTTCTCTATAAATATAATTTATTTTGCTTGGTCTACCCTTTTTCCTTTCATATGGTTTTAATTCAGGTAAAAATCCATTTTGTATTTCTCTTAAGTCATAAATATATTCGTACTCATCTAATATATTGACTACTGTTTTTGATTTAGAGTTTATACTTCCTGGAACTCTTAATATTCTGGTTGCATCTAAGGCTTGTCTATCTGCTCCAAAGTATTTTAATTGATTATATAAATATTCTTGAACCGCTTTCCATAATGGTAATGCTTTACTAGGTACTGCATTTATTATCCATATTAAATACATTCCTCTTCCACTATCTATTACATAGTTTGGTATAGGAATACTTTGATTAAAATAATTCTTTTCTAAGTCCATTAATACCTGGTCTTTAGTTTTGCCAGTTTTATAATAATCCAAGTCTATAAACAGTGTATTTAACTCTTTTATATTTTCTAATCGCCTACACGGCTTATAAAAGGTATTTAGAGTTATATAGATATTTTCATCACTCATATCTAAATCTTTTAATTCAGCGTATTTATAGTGCCATTGGCTATATCCTTTTTTATCTATAACGCTCCTGGTTATCCACCCTTTACTTCTACTATGAATATTATCTATATAGTTCTTTTTATTCAGCTTTAATGCGTTTCTCACTTATTCACCTCCCCTTCTGTAAAACTAAGAAAATTATATCATATTTTCAATAATTATTAACTATTCTTAAACTCTTAATAAAAAATAGAGTAAGTCCCCAATTGAAACTTAATCTATTTTTTATGTTTTAATTTATTATTTTTATTAAAATATTTTAAACTAAATTAAATGATTCTTTTTAATTTTTTACTATTTCATTCCATAATATATTACTATAATTATTTACAAATAATATTTCTTCATTTGTAATATTTAGATGATTTACTAATTTTAGTTTTTATATATTAAATAATTAATGTATAATTTATATAAAAAATCAAAGGAGCTTATAAATTATGATTATTTCCAAAGATACTAAAGATTTAATTTTTTCAATTTTAACAATACTTTTTGTAATATTATGTTTAAATTTAATTGTATTTTTTTCATATAATAAAGCCGTTGAAGTAAACCAATCCATTTTCCTTATGATGTTATTATTAAATTTAAGTTTTATAATAATATCTTTATTATATTTATTGTTTTTAAAAAAACTAGTGAAATTTCCGGCTTTATTAAACTTATTTTTAGGAATTTTATTTTCATTTTCATCTTTACAGGATTTGATTATATCTTTAAATATGTTTTATCAAATATTATCTTTTTCTAAATTTATATATATTTTTATTATATTTATTATTATATATATTTTATTTTTAAGTTTCTTTCTAACAGCTATTAAAAAGAAACTTAAAAATAAAAACACGTACTCTAAACCAATAAATAAAACTATTTTTATTATTGCTGCCTTGATTGGAATAGTTTTTAGTAAAATTAATTTCAATATTCCACAATATTATATTATAAGCTAGCTTTGCATTGTACTTTTCAATCGCTTCACGAATGCGGTTATCTCCGAAAGATAAAGTCTTTTCATCTTCCTTGATGAAGATAAGATTTTCTCCGTCTCCGCCGGCAGAATTGAAGCGGGGTACTACGGTATCGTCTGCGTCATCTTCCGTTGTCTGATAGATGATAGTCATAGGCTCATTTTCTTCCGTTTCGGTAAAGGGGATAGGTTCGCCCTTTGAGAGCAGGGCGGCGATGGAAAGCATTAACTTGCTTTTCCCATCGCCCGGATCTCCCTGCAATAGCGTAACTTTGCCAAACGGAATATACGGATACCACAGCCACTTTACTTCTTTCGGCTCGATTTCACTTGCCTTGATGATTTCAAGAGGTACGCTGAAATTCATTTCGTTTTCATTTAGTTTCATTTTTTCTTGTTCTCCTTTTCTCTGAAAATATAAAAACCACAGATTGATACTAAAACCTTGGTTGTGTTGCTTTTCGGGGCTTAAATCAAGGAAAAATCCTTGTTTTAAGCCTTTCAAAAAGAAACACAAGGTCTTTGTACTAACCTGTGGTTATGTATAAAATTGTAGATTTTAGGGTAACAAAAAACACCGTATTTCTACGATGTTTTTGCTTAAATACTTGTTTTTAGTTACAGACAAACCTGAAGTTAACTATTTATCAATTCCTGCAATTCGTTTACAAAACGGCAAATGTGAAATCCGTCACATACTGCGTGATGAACTTGAATTGCCAAAGGAAGTATAATTTTGTTATCTTCTTTATAATATTTCCCCATAGTAAAAATAGGAATCAAATAATCATATCCTTTCTGCAAATTCAGATTAAAGCCATCGAAGGTTGACCACGGTATCATAGATACATTAAAAATGTTTTCCGGAGCATTTGGCTTTCCTTCCATTCTATGATTGTTTCCATACCGTTGCGTATCACTTTCATAATCTGCTAAAAATGATTTAAAGTCAGACTTACACTCAGTCCAAAGGCTGGAAAATGTTTCAGTATCATTGTGAAATATTGTATAGCTTGGTATCATCTCATCATATATCCCCAATTCACCATCTTGATTGATTGCCGTCCTAAACTCTGAATGGCGGTTTACAATCATTGCAATATAATAAAGCATTGCAGGATATAGTTTCATTCCCTTTTCCTTTATTTGTGTGATATCCACTTTAACGGTCATGCTGTATGTACAAGGTACACTTGCAAAGTAGTGGTCAAAATACTCTTTTCTGTTCCAACTATTTTTATCAATTTTTTCAAATACCATCTAAGTTCCCTCTCAAATTCAAGTTTATCGCTCTAATGAACAAAGATATTATACCACATTTTTGTGAATTTTTCAACTTGCCCACTTCGACTGCACTCCCGACTTAATAACTTCTTGAACACTTGCCGAAAAAGAAAAACTGCCGGGTACGTACCCGGGATCGATCCCCG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